Hoạt động cốt lõi của Quỹ là trao Giải thưởng VinFuture hàng năm cho các nghiên cứu khoa học và sáng tạo công nghệ mang tính đột phá, có tiềm năng tạo ra sự thay đổi ý nghĩa trong cuộc sống của con người. Giải thưởng được quản lý bởi Quỹ VinFuture, trên nguyên tắc đảm bảo tính độc lập cho Hội đồng Giải thưởng trong quá trình lựa chọn xét giải. Nhiệm vụ của Quỹ VinFuture là tạo điều kiện tài chính ổn định cho Giải thưởng để Giải thưởng bền vững dài lâu.